《ISH protocol 熒光原位雜交技術(shù) 實驗方案》由會員分享，可在線閱讀，更多相關(guān)《ISH protocol 熒光原位雜交技術(shù) 實驗方案（9頁珍藏版）》請在裝配圖網(wǎng)上搜索。

1、地高辛標(biāo)記寡核苷酸，熒光標(biāo)記二抗，ISH，冰凍切片操作過程： 1、 多甲固定：應(yīng)盡量在半個小時內(nèi)完成。（固定時間以24-36小時為宜，避免RNA降解或固定過度。） 2、 切片:為獲得高雜交信號，冰凍切片應(yīng)切成10um-20um。（選用16um）（切好的片子可以保存在-70度中）但是要注意，保存在-70度中的切片，拿出來以后，立即在4%的多甲中重新固定，避免在重新固定前切片恢復(fù)室溫。（重新固定10-15min） 3、 用0.1MPB洗切片3*5min 4、 切片放入100%乙醇5min，空氣中干燥。 雜交液：（20ml） 藏于-20度 20*SSC 4ml 硫酸葡聚

2、糖 4g 去離子甲酰胺 10ml 將他們?nèi)芙夂螅尤胍韵挛镔|(zhì)： Poly A（10mg/ml） 0.5 ml SsDNA（10mg/ml） 0.5 ml tRNA （10mg/ml） 0.5 ml DTT (1M) 2ml 50*Denhardts 0.2ml 上述溶液可以配置后長期貯藏與-20度中，用前預(yù)熱到37度。 雜交溶液：將地高辛加入雜交液中，探針的濃度需要摸索（一般是100ng-1000ng/ml，一般是以200ng/ml為起點來摸索條件），所加的雜交液的體積看切片的大小來決定，對于

3、2cm*2cm的組織，一般是加50ul，但是對于嗅球，可能30-40ul足夠。 加好雜交液以后，用蓋玻片蓋上切片（注意中間不要留有任何的氣泡），為防止雜交液從蓋玻片中流走，注意使切片保持水平，并且注意切片不能干燥，（干燥的話雜交會有一個很高的背景） 在濕盒中37度雜交18小時，這個雜交時間可以延長到40小時來提高雜交的信號，但是前提是不能讓切片干燥。 雜交后處理; 制備0.5*SSC和1*SSC（從20*來稀釋）并且保證這兩種SSC在使用的時候的溫度是55度。 注意配置0.5*SSC和1*SSC中含有10mM的DTT（將1.2g的DTT加入到800ml的SSC中） 雜交后，用小鑷子

4、將蓋玻片輕輕移走，然后倒掉雜交液，將切片放入洗液中，在振搖水浴 中按照下面的要求來洗片： 快洗： 1*SSC（10mMDTT）室溫 2*15min：1*SSC（10mMDTT）55度 2*15min 0.5*SSC(10mMDTT) 55度 1*10min 0.5*SSC（10mMDTT）室溫 將切片一直放在最后一步的溶液中一直到下一步操作。 檢測： 將切片轉(zhuǎn)移到TBS緩沖液中（100mM tris-HCl，150mM NaCl，PH=7.5），將切片在TBS緩沖液中洗3*5min， 封閉：（可選） 將切片放在封閉液中放置30min（封閉液配方:TBS+0.

5、1%triton X-100+1%正常綿羊血清（sigma）或者是1%的其它合適的封閉劑（Roche））, 將切片拿出封閉液中，用地高辛抗體和切片在TBS+0.1%triton X-100+1%正常綿羊血清（sigma）或者是1%的其它合適的封閉劑（Roche）于室溫下孵育至少4小時，然后在TBS中洗3*5min ，然后在去離子水洗滌幾次以去除鹽，最后用抗淬滅劑分片觀察 原位雜交要做的對照; 1、 切片中mRNA的質(zhì)量（前提是新鮮的組織樣品）和protocol的有效性。 ① PolyT探針：如果PolyT探針雜交的信號很弱的話，說明切片的RNA已經(jīng)降解比較嚴(yán)重。 2、 雜交特異性對照

6、：①檢測探針只是和RNA結(jié)合，用RNA酶處理后如果沒有雜交信號的，則說明雜交只是和RNA結(jié)合。（注意，RNA酶的處理應(yīng)該在固定以后用PBS洗兩次*5min立即進(jìn)行） ② 用正義和反義探針來雜交，如果用正義探針雜交得不到任何的信號，則可以說明雜交的信號是特異性的 雜交預(yù)處理： 1、 在37℃ 恒溫箱內(nèi)干燥切片后，滴加 5-10μg/ml蛋白酶K，置37℃ 濕盒內(nèi)孵育30min， 4℃75％ 酒精漂洗5min中止蛋白酶K活性。 一般應(yīng)用蛋白酶K 1μg/ml(于0.1 mol/L Tris,50 mmol/L EDTA,pH8.0緩沖液中)，37℃孵育15~20 min，以達(dá)到充分的蛋白消

7、化作用而不致影響組織的形態(tài)為目的。蛋白酶K還具有消化包圍著靶DNA的蛋白質(zhì)的作用，從而提高雜交信號。甘氨酸是蛋白酶K的抑制劑，常用0.1 mol/L的甘氨酸溶液(在PBS中)清洗以終止蛋白酶K的消化作用，應(yīng)用胃蛋白酶(Pepsin)20~100 μg/ml(用0.1 N HCl配)37℃、30 min進(jìn)行消化，所獲實驗結(jié)果優(yōu)于蛋白酶K。為保持組織結(jié)構(gòu)，通常用4%多聚甲醛再固定。 2、0.25% 醋酸酐10min, 經(jīng)70℃ 2×SSC漂洗、40℃ 2×SSC各漂洗15min，2×SSC 3min，切片經(jīng)75-100% 酒精梯度脫水。 1. 蛋白酶K能消化和暴露被遮蔽的靶核酸，以增加探針的

8、可結(jié)合性。蛋白酶K 濃度過低，不能使靶核酸有效暴露，濃度過高則組織消化過度，也會影響檢測結(jié)果。蛋白酶K須用蛋白酶K緩沖液配制(0.1mol/L Tris-HCl PH 8.0，50mmol/L EDTA，經(jīng)高壓滅菌后備用)，蛋白酶K應(yīng)新鮮配制，低溫冰箱內(nèi)分裝保存。蛋白酶K消化組織切片是原位雜交實驗流程中重要環(huán)節(jié)，蛋白酶K濃度應(yīng)力求準(zhǔn)確無誤。 2. 根據(jù)組織類型、固定液的種類，固定時間和切片的厚薄的不同，蛋白酶K濃度也存在差異 ，選用蛋白酶K最佳消化濃度是原位雜交成功的必要條件，不可省略 預(yù)雜交 預(yù)雜交液; 臨用前加；△預(yù)雜交液不加 　配制：先以去離子甲酰胺與SSC于室溫混合，

9、加入硫酸葡聚糖于50℃促溶，依次加入其它成份。硫酸葡聚糖在室溫常需數(shù)小時才能完全溶解。有時需旋渦振蕩。定容后充分混合。根據(jù)使用方便可分裝（最好用鋁箔將瓶子包好）存于4℃，可達(dá)數(shù)月。注意，雜交緩沖液在使用前切忌污染 1、 將DEPC處理的切片經(jīng)ddH2O漂洗 2×5min 2、 按組織片大小， 每張切片滴加40μl雜交液，置37℃ 溫盒內(nèi)2小時 雜交 1、 抖去甩干雜交溶液，用DAKO魔筆沿組織周圍劃圈，滴加30μl 探針雜交液/每張切片(內(nèi)含20ng地高辛標(biāo)記的探針)，在某溫度下（改溫度為：TM- ）濕盒內(nèi)孵育過夜 雜交液內(nèi)加入變性剪切的鮭魚精子DNA在雜交前加入，與其它

10、雜交液分開儲存。 雜交液能在－20℃保存幾個月 雜交后處理 1、將切片置37℃ 2×SSC中漂洗2×10min。 2. 在37℃ 2×SSC 漂洗2×15min、1×SSC 漂洗2×15min、0.25×SSC 漂洗2×15min，均需用振蕩漂洗切片。 最適復(fù)性溫度（Optimunm renaturation temperature, TOR）：Tor =Tm –25℃ 苛刻復(fù)性溫度：Ts = Tm – (10 或15℃) 非苛刻復(fù)性溫度：Tns =Tm – (30 或35℃) 在2×SSC 反應(yīng)液中，可以根據(jù)下列公式計算最適復(fù)性溫度：TOr =0.51 (G+C%)

11、+47℃ 減低背景染色 背景染色的形成是諸多因素構(gòu)成的。雜交后(Posthybridization)的酶處理和雜交后的洗滌 均有助于減低背景染色。在多聚甲醛固定后，浸入乙酸酐(acetic anhydride)和三乙醇胺(t riethanolamine)中以減低靜電效應(yīng)，減少探針對組織的非特異性背景染色。 在雜交后漂洗中的RNA酶液洗滌能將組織切片中非堿基配對RNA除去 。一般遵循的共同原則是鹽溶液濃度由高到低而溫度由低到高。必須注意的是漂洗的過程中 ，切勿使切片干燥。干燥的切片即使大量的溶液漂洗也很難減少非特異性結(jié)合，從而增強了 背景染色。 4雜交后漂洗 (1)2×SSC

12、液內(nèi)振動移除蓋片。 (2)2×SSC 55℃ 10 min×2。 (3)05×SSC 50℃ 5 min×2。 (4)緩沖液Ⅱ(含05%封阻試劑，用緩沖液Ⅰ溶解)37℃ 30 min。 (5)緩沖液Ⅰ(100 mmol/L TrisHCl,150 mmol/L NaCl pH75)15 min,室溫。 (6)酶標(biāo)地高辛抗體(1∶5 000，應(yīng)用緩沖液Ⅰ解釋)37℃ 30 min。 (7)緩沖液Ⅰ 15 min×2，室溫。 (8)緩沖液Ⅲ(100 mmol/L TrisHCl,100 mmol/L NaCl,50 mmol/L MgCl2,pH95)室

13、溫， 2 min。 (2)雜交后漂洗 其目的是去除未參與雜交體形成的過剩探針,消除與組織或細(xì)胞之間的非特異性結(jié)合的探針, 降低背景染色,增加信/噪比。 將雜交玻片從濕盒(或雜交儀)中取出,用2×SSC將蓋玻片洗脫,2×SSC 30℃洗2次,每次15 min;1×SSC 42℃洗2次,每次15 min;05×SSC 37℃洗2次,每次15 min,TBS緩沖液洗2次。注意在漂洗過程中切不要使切片干燥。 (5)對照試驗 ①陽性對照:用已知含靶核酸序列的組織作對照。 ②陰性對照:用已知不含待測靶核酸序列的組織作對照。 ③用免疫組化檢測方法來確定雜交信號的分布。

14、④省略標(biāo)記探針。 ⑤DNA酶消化靶DNA對照。 〖HJ1〗(6)非特異性染色 非特異性染色可能會來自探針、組織內(nèi)源性酶、組織細(xì)胞、顯色系統(tǒng)等;探針特異性不高以 及組織細(xì)胞內(nèi)某些成分與顯示系統(tǒng)中的抗體成分非特異結(jié)合也可造成非特異性染色。組織細(xì)胞內(nèi)源性酶是原位雜交中非特異性著色的重要原因,目前最常用的酶是過氧化物酶和堿性磷酸酶,這兩種酶都廣泛存在于組織細(xì)胞中,因此用這些酶時應(yīng)有消除內(nèi)源性酶的相應(yīng)步驟。如過氧化物酶用3% H2O2處理5~10 min;10%冰醋酸處理組切片10 min,或在底物顯色液中加入1 mmol/L左旋咪唑可防止內(nèi)源性堿性磷酸酶的染色。NBT/BCIP顯示堿性

15、磷酸酶時如果在光照下顯色也會增強非特異性染色。必須根據(jù)檢測系統(tǒng)不同 的標(biāo)記酶作不同的內(nèi)源酶處理。 2. 探針的長度 原位雜交反應(yīng)中探針濃度應(yīng)超過靶序列的濃度，探針濃度必須給予該實驗最大信噪比，因為 背景著色度高低與探針濃度有關(guān)。最佳探針濃度是最低探針濃度達(dá)到靶核酸的最大飽和結(jié)合 度為目的。探針濃度按其種類而略有不同，放射性標(biāo)記cRNA探針的濃度為0.5ng/μl，而非 放射性標(biāo)記cRNA探針的濃度1.0ng/μl 。雜交液的量要適當(dāng)，每張切片以30-50μl為宜。保持雜交液不流失的關(guān)鍵是，載玻片的清潔處理必須徹底，應(yīng)用雜交罩等也很必要。 3.雜交的溫度和時間 設(shè)置和調(diào)整雜交溫度是RNA

16、原位雜交的重要環(huán)節(jié)。雜交溫度應(yīng)低于解鏈或融解溫度(melting temperature Tm)20-30℃。多數(shù)RNA原位雜交Tm為95℃，由于這一溫度對保存組織形態(tài)完整和組織切片的粘附將產(chǎn)生不利影響，為此在雜交液中常以增加甲酰胺濃度來降低Tm值，因為每增加1％ 甲酰胺濃度可降低0.72℃。另外雜交體中GC的百分比，雜交體長度以及雜交液中Na+的濃度也與Tm呈正相關(guān)。 雜交反應(yīng)的時間可隨探針濃度的增加而縮短，雜交時間過短會造成雜交不完全，雜交時間過 長會增加非特異性著色。一般RNA原位雜交采用雜交孵育過夜，在黑暗環(huán)境下進(jìn)行，可以避 免光線對甲酰胺的電離作用。 為利于mRNA檢測，固定時

17、間不要超過36小時，以免引起RNA與蛋白質(zhì)之間發(fā)生交聯(lián)。 (三)預(yù)雜交 (1)切片用DEPC處理的PBS PH7.4(140mmol/L NaCl ，2.7mmol KCl,10mmol/L Na2HPO4, 1.8m mol/L KH2PO4) 孵育2×5min，再用DEPC處理的含100mmol/L 苷氨酸(Glycine)PBS 孵育切片2×5min。(2)用DEPC處理的含0.3% Triton X-100 PBS孵育15min。(3)用DEPC處理的PBS漂洗2×5min。(4)冰凍切片用TE緩沖液（100mmol/L Tris-HCl ,50 mmol/L EDTA PH 8.

18、0）不含RNA酶的1μg/ml蛋白酶K，在37℃ 下通透切片30 min。石蠟切片用TE緩沖液配制的不含RNA酶的5-20μg/ml蛋白酶K，在37℃ 下通透切片30min。(5)在4℃ 下用DEPC處理的4％ 多聚甲醛PBS 溶液作后固定5min。(6)再用DEPC 處理的PBS沖洗切片2×5min。(7)切片作酸酐處理，處理液含0.25醋酸酐、0.1mol/L 三乙醇胺(Triethanolamine TEA)PH8.0，振蕩漂洗2×5min。(8)在37℃ 孵育切片后，雜交緩沖液沖洗（含50％ 去離子甲酰胺的4×SSC），至少10 min。 注意事項 (1)切片的通透化是RNA原位雜

19、交關(guān)鍵步驟，特別對回顧性資料尤為重要，因固定液種類和固 定時間的不同，需作最佳通透化條件探索，包括蛋白酶K濃度，孵育時間20-30min之間調(diào)整 ，甚至采用0.2mol/L HCL配制的0.1％ 胃蛋白酶。 (2)由于醋酸酐極不穩(wěn)定，宜將醋酸酐在使用前加到TEA緩沖液中。 (3)1×SSC = 150mmol/L NaCl,15mmol/L sodium citrate pH7.2。 (四)免疫熒光檢測 1. 滴加封閉緩沖液(100mmol/L Tris-HCl PH7.5、150mmol/L NaCl、2% BSA) 置37℃ 濕盒 內(nèi)30min，以封閉非特異性結(jié)合部位。 2. 瀝

20、干細(xì)胞片，滴加抗地高辛抗體(1:200、1:500用封閉緩沖液配制) 在37℃ 內(nèi)45 min。 3. 用Buffer A PH7.5(100mmol/L Tris-HCl、150mmol/L NaCl、0.05% Tween 20) 沖洗漂洗 各5min。 4. 由低濃度至高濃度(70%，90%，100%)各級酒精梯度脫水各5min。 5. 空氣中干燥細(xì)胞片。 6. 滴加甘油顯色混合液。 注意事項 甘油顯色混合液的配制：9份甘油比1份(1mol/L Tris-HCl(PH7.5)， 2% 1.4-diaza-bicyclo -[2.2.2]-octane (DABCO)和DNA復(fù)

21、染劑(或碘化丙啶Propidium iodide PI 500ng/ml)或 DAP I (75ng/ml) 7. 在熒光顯微鏡下觀察。 3 預(yù)雜交和雜交 (1)加約30 μl預(yù)雜交液在每張載片上,室溫孵育1 h。如加鯡魚精子DNA,用前須在沸水浴中 加熱變性10 min,酵母tRNA不用加熱。 (2)預(yù)雜交后以2×SSC漂洗,以吸水紙試干切片周圍水份,應(yīng)用預(yù)雜交液稀釋地高 辛標(biāo)記的Oligo探針,濃度根據(jù)于待測核苷酸含量和實踐的結(jié)果。如對于檢測大鼠垂體的前 促黑激素(proopiomelanocortin,POMC)mRNA的Oligo探針,其理想工作濃度為342 ng/

22、ml(0 342 ng/μl)。 (3)加30 μl雜交液在切片上,加硅化蓋玻片,在37℃過夜。如探針大于36堿基則雜 交溫度為42℃。 (4)次日室溫2×SSC液漂洗切片1 h。 (5)1×SSC漂洗切片1 h(室溫)。 (6)05×SSC 37℃漂洗半小時。 (7)05×SSC室溫漂洗半小時。 (8)顯示等方法同前述。 Application Dilution Conc. [g/ _l] Sufficient for... in situ hybridization 1:500–1:1000 0:2–0:4 　2

23、．Denhardt’s液 　　通常配成10×，50×或100×的儲備液 　　配制：稱取上述試劑，溶于800ml左右滅菌ddH2O中，定容至1000ml后，過濾后于-20℃保存?zhèn)溆谩? 　　該液用于配制雜交液及予雜交液等。 1．蛋白酶（Proteinawe K, Pro.K） 蛋白酶K主要用于雜交前標(biāo)本處理，其作用是使組織達(dá)到一定消化，利于檢測分子的穿透，從而提高檢測方法的敏感性，但各種組織在不同條件下消化程度不一，因此，具體應(yīng)用時，應(yīng)根據(jù)組織種類、溫度確定反應(yīng)時間及酶的濃度。過度消化可使組織形態(tài)結(jié)構(gòu)遭到明顯破壞，核酸分子也會受到影響。通常是將其配成儲備液（1mg/ml），臨用前，再配

24、成工作液（約0.025mg/ml）。配制方法： 　　精心稱藥，將二者充分混合后，分裝成小份，-20℃存放，用時再取出凍融，余者棄去。 ?。?）工作液（臨用前配）： 　　取儲備液（1mg/ml）按1：40稀釋，充分混合，即得約含Pro.K為25mg/ml的工作液。 　?。?）關(guān)于P-K緩沖液的配制： 　　稱取上述試劑，充分混合即可。 　　②1mol/L 的Tris-HCl(pH8.0)： 　　先將Tris于800ml ddH2O中溶解，用HCl將pH調(diào)至8.0,ddH2O定溶于1000ml，高壓滅菌，室溫備用即可。 　?、?.5mol/L的EDTA： 　

25、　稱取EDTA溶于約600ml ddH2O中，常需60℃持續(xù)攪拌以助溶，滴加NaOH至pH接近8.0時，EDTA才開始溶解。待完全溶解后，冷卻至室溫，NaOH調(diào)pH至8.0,ddH2O定溶至1000ml，高壓滅菌，室溫備用。 　　2．甘氨酸 　?。?）1mol/L甘氨酸： 　　稱取甘氨酸75g溶于ddH2O或DEPC水中，最后補足ddH2O定容至1000ml，高壓滅菌備用。該液為儲備液，-20℃儲存。 　?。?）甘氨酸工作液（0.1mol/L）： 　　將二者按1：10比例稀釋，即得甘氨酸工作液。一般要求臨用前新鮮配制。 　　甘氨酸有終止蛋白酶K作用的作用，以防過度消化。

26、　　3．0.25%醋酸-0.25%醋酸酐 　　配制：按上述配方，先以少許DEPC水溶解NaCl，然后加入三乙醇胺及濃HCl。DEPC水定容至約1000ml(997.5ml)，臨用前，一邊搖動溶液一邊加入醋酸酐，充分混合。注意操作時避免濃HCl 濺出，最好在通風(fēng)條件下進(jìn)行。 　　生物體內(nèi)有些組織，如神經(jīng)組織中的蛋白質(zhì)，對帶負(fù)電荷的核酸探針較易吸附。經(jīng)該液乙?；幚砗螅墒骨衅瑯?biāo)本表現(xiàn)帶上負(fù)電荷，有排斥帶負(fù)電的核酸探針，減少非特異吸附，降低反應(yīng)背景的作用。 　4．RNA酶溶液 　　取RNA酶A溶解于100ml DEPC水中，分裝成小份（1ml,10mg/ml），-20℃儲存。

27、 　　臨用前，取RNA酶A儲備液，用2×SSC溶解配成工作液（0.01mg/ml）. 　　5.0.2% 　　取2ml Triton X-100加入998ml PBS中，充分振蕩使其充分混合。 　八、雜交后漂洗溶液 　　無論用何種標(biāo)記方法及何種信號顯示方法，在雜交后洗脫則是大同小異。在此，歸納幾種帶有共同性及常用的洗脫液。 　　該液常用于雜交后的初次洗脫，故離子強度（張力）較高。 　　該液常用于雜交后的第二次洗脫，離子強度較低，經(jīng)過上述兩套洗脫液洗后，有的還可用2×SSC，10%（0.1%）SDS洗脫。 　　 　　主要是洗去殘留的RNA，降低背景。用于以RNA為探針的原位雜交方法中。 　4．Dig標(biāo)記探針雜交后處理液 　　用ddH2O溶液并定容至1000ml。 　　用ddH2O溶解并定容至1000ml。 　　配制同上。