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分子生物學(xué)在獸醫(yī)中的應(yīng)用,目錄,,一：分子生物學(xué)技術(shù)在中獸醫(yī)藥學(xué)中的應(yīng)用進(jìn)展,中獸醫(yī)學(xué)起源于中國古代，經(jīng)過數(shù)千年的發(fā)展而形成了獨(dú)特的理論體系和豐富的診療手段，是中國歷代勞動(dòng)人民同疾病進(jìn)行斗爭的經(jīng)驗(yàn)總結(jié)，其主要內(nèi)容包括基礎(chǔ)理論、診法、中藥、方劑、針灸和病證防治等部分。然而，要使中獸醫(yī)學(xué)走向世界，僅憑傳統(tǒng)中獸醫(yī)理論是不夠的，必須使之與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)結(jié)合，從現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的角度闡明中獸醫(yī)辨證原理及中獸藥的作用機(jī)理，實(shí)現(xiàn)傳統(tǒng)中獸醫(yī)藥學(xué)現(xiàn)代化。而分子生物學(xué)使人類對生命現(xiàn)象、生物結(jié)構(gòu)和功能的認(rèn)識(shí)已產(chǎn)生了一系列的突破，中獸醫(yī)藥理論與分子生物學(xué)雖然屬于兩種不同的體系，但兩種科學(xué)研究生命活動(dòng)的物質(zhì)基礎(chǔ)是一致的，因此，從分子水平研究中獸醫(yī)藥，對推動(dòng)中西獸醫(yī)結(jié)合、促進(jìn)中獸醫(yī)藥學(xué)的發(fā)展和防病治病很有意義。,1分子生物學(xué)技術(shù)在中獸醫(yī)基礎(chǔ)理論中的應(yīng)用,1．1 陰陽學(xué)說與分子生物學(xué)技術(shù) 陰陽學(xué)說貫穿于中獸醫(yī)學(xué)理論體系的各個(gè)方面，用以說明動(dòng)物體的組織結(jié)構(gòu)、生理功能和病理變化，并指導(dǎo)臨床診斷和治療，是中獸醫(yī)理論的高度概括。 近幾年來，我國對cAMP、cGMP與中獸醫(yī)陰陽學(xué)說進(jìn)行了研究。李芳生…報(bào)道，陽虛者cAMP水平升高，cAMP／cGMP比值下降；陰虛者cGMP水平升高，cAMP／cGMP比值升高。進(jìn)一步分析cAMP、cGMP與陰虛和陽虛的關(guān)系可知，陽虛者表現(xiàn)副交感神經(jīng)系統(tǒng)活動(dòng)加強(qiáng)；陰虛者主要表現(xiàn)交感神經(jīng)系統(tǒng)活動(dòng)加強(qiáng)。這些研究都為推動(dòng)中醫(yī)理論向現(xiàn)代化邁進(jìn)有重要意義。 《素問·至真要大論》中說“謹(jǐn)察陰陽所在而調(diào)之，以平為期”，是中醫(yī)臨床診斷和治療的基本原則。與此理論相一致，分子生物學(xué)技術(shù)研究發(fā)現(xiàn)，正常細(xì)胞染色體上存在非活化狀態(tài)的原癌基因，同時(shí)還存在抑癌基因。如前者激活，基因異常表達(dá)；或后者缺失而不能發(fā)揮正常細(xì)胞生長調(diào)節(jié)和終止分化作用，就可導(dǎo)致腫瘤發(fā)生，這說明原癌基因與抑癌基因兩者平衡失調(diào)對腫瘤發(fā)生起著重要作用。,1．2臟腑學(xué)說與分子生物學(xué)技術(shù),臟腑學(xué)說是研究動(dòng)物機(jī)體各臟腑器官的生理活動(dòng)、病理變化及其相互關(guān)系的學(xué)說。 腎藏精，主命門之火，是機(jī)體的先天之本，對機(jī)體的生長、發(fā)育、生殖有重要影響。楊金蓉運(yùn)用“恐傷腎”原理恐嚇母鼠，造成子鼠先天腎氣虧虛的動(dòng)物模型，然后檢驗(yàn)子鼠胸腺核酸含量，發(fā)現(xiàn)恐嚇各組DNA、RNA含量及RNA／DNA值均有所降低，且恐嚇程度越重，降低越明顯。王米渠報(bào)道受驚嚇母鼠所產(chǎn)子鼠大腦皮層厚度變薄，尤以分子層明顯變薄，說明圍產(chǎn)期緊張情緒直接影響到下一代子鼠的生長發(fā)育。用RT—PCR技術(shù)發(fā)現(xiàn)腎陽虛證和下丘腦室旁核促腎上腺皮質(zhì)激素的mRNA表達(dá)受抑，將腎陽虛證定位在下丘腦。脾統(tǒng)血，主運(yùn)化，是機(jī)體的后天之本。王曉明等通過脾氣虛證大白鼠模型LPO及其相關(guān)抗氧化酶變化研究，提示中醫(yī)認(rèn)為“脾為后天之本”在生理上同分子生物學(xué)水平的抗氧化酶活性和(含量)的正常，從而維持了生物膜的正常功能的認(rèn)識(shí)相類似，對中醫(yī)“脾”的本質(zhì)的現(xiàn)代化科學(xué)解釋有一定的學(xué)術(shù)意義。這一切都說明中醫(yī)臟象學(xué)說是有分子生物學(xué)基礎(chǔ)的。,1．3 中獸醫(yī)證的研究與分子生物學(xué)技術(shù),證，即證候，是對疾病發(fā)展過程中某一階段病因、病機(jī)、病性、邪正雙方力量對比等方面情況的概括，是中醫(yī)的核心問題。而辨證施治就是針對證的差異，以四診為依據(jù)，認(rèn)識(shí)疾病、診斷疾病的過程。故中醫(yī)有“有諸于內(nèi)必行諸于外”的說法。 中獸醫(yī)中的同病異治、異病同治在分子生物學(xué)上的體現(xiàn)就是將同一疾病不同證候和同一證候不同疾病的動(dòng)物進(jìn)行基因圖譜表達(dá)，觀察分析其基因突變、異常表達(dá)同疾病的關(guān)系。從中西醫(yī)結(jié)合的角度，中醫(yī)證本質(zhì)的含義是指引起證發(fā)生發(fā)展的物質(zhì)基礎(chǔ)，這些物質(zhì)決定著證的動(dòng)態(tài)變化過程。 證研究的突破，對于解釋中獸醫(yī)的科學(xué)內(nèi)涵，推動(dòng)中醫(yī)各學(xué)科的發(fā)展具有十分重要的意義。分子生物學(xué)對于蛋白質(zhì)研究的突破將為證候與蛋白質(zhì)的結(jié)合研究奠定基礎(chǔ)，在這一方面，有關(guān)蛋白質(zhì)芯片的深入研究和納米技術(shù)的使用將為蛋白質(zhì)的研究與中醫(yī)證候的研究提供發(fā)展的契機(jī)。而證候一基因組學(xué)也是中醫(yī)現(xiàn)階段研究的一個(gè)重要課題，將宏觀的中醫(yī)證候與微觀的基因功能相聯(lián)系。為中醫(yī)證候的現(xiàn)代化研究提供了新的探索路徑。 目前運(yùn)用分子生物學(xué)技術(shù)對于臟腑辨證的研究比較多，在一定程度上揭示了這些理論的分子生物學(xué)基礎(chǔ)。如鐘歷勇等觀察補(bǔ)腎、健脾、活血三類復(fù)方對下丘腦一垂體一腎上腺一胸腺軸(HPAT)受抑模型的下丘腦促腎上腺皮質(zhì)激素釋放因子(CRF)基因表達(dá)的影響，從分子水平闡明藥物對陽虛證的主要調(diào)節(jié)點(diǎn)。結(jié)果表明惟有補(bǔ)腎藥可通過提高下丘腦CRF mRNA表達(dá)來保護(hù)HPAT軸免受外源性皮質(zhì)酮的抑制。,健脾藥對免疫系統(tǒng)有直接的促進(jìn)作用，而活血藥對HPAT軸無任何影響，其結(jié)論是藥物對腎陽虛證的主要調(diào)節(jié)位點(diǎn)在下丘腦。劉福春等通過H2一TdR摻入細(xì)胞核DNA的方法。 發(fā)現(xiàn)“陽虛”動(dòng)物骨髓細(xì)胞DNA合成率下降，認(rèn)為中醫(yī)腎主骨生髓藏精理論與促進(jìn)核酸蛋白質(zhì)代謝有關(guān)。 通過對中藥抗衰老作用機(jī)制的研究發(fā)現(xiàn)端粒長度縮短與衰老有關(guān)。端粒是線形染色體末端的特殊結(jié)構(gòu)，含有DNA’高度重復(fù)序列，隨著細(xì)胞的衰老，血液及結(jié)腸黏膜細(xì)胞中端粒的平均長度在不斷減少，抗衰老中藥的作用可能表現(xiàn)在對端粒DNA重復(fù)序列有保護(hù)作用。而中藥通過提高DNA的修復(fù)能力、清除自由基、增強(qiáng)神經(jīng)生長因子(NCF)受體等作用來達(dá)到抗衰老之目的。 標(biāo)準(zhǔn)化、規(guī)范化是涉及中醫(yī)藥科研各個(gè)領(lǐng)域亟待解決的難題，也是中醫(yī)藥現(xiàn)代化、國際化的基礎(chǔ)。要實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)，引入被醫(yī)學(xué)界公認(rèn)為對指導(dǎo)臨床實(shí)踐、制定計(jì)劃、解釋結(jié)果和臨床決策具有重要價(jià)值的方法學(xué)是完全有必要的。目前對于證的研究只是從某一角度進(jìn)行了分子生物學(xué)微觀闡述，但卻為辨證施治提供了一條新的思路,分子生物學(xué)技術(shù)在中醫(yī)臨床中的應(yīng)用,在中獸醫(yī)辨證施治的原則下，從分子水平尋求中藥制劑療效確切的客觀依據(jù)，不僅證實(shí)了中藥的有效性，而且展現(xiàn)了中醫(yī)藥防治疾病的廣闊前景。如馬增春等用蛋白質(zhì)組技術(shù)考察四物湯對血虛證小鼠血清蛋白的影響，在分子水平上探討四物湯補(bǔ)血的作用機(jī)制。成玉斌等探討了腎虛型糖尿病腎病(DN)與腎素血管緊張素轉(zhuǎn)移酶(ACE)基因多態(tài)性的相關(guān)性。虛證的主要病因之一可能是由于某些機(jī)體功能受到抑制等原因?qū)е禄蚬δ芷毡橄陆?。所以在基因芯片技術(shù)中可見大規(guī)?；蛳抡{(diào)。例如．NM一002462人類黏液病毒(流感病毒)抵抗子l一干擾素類蛋白p78(小鼠)mRNA，該基因不但與RNA聚合酶亞單元PB2作用，并且與流感NP作用而抑制流感病毒的轉(zhuǎn)錄，是嗜中性粒細(xì)胞獨(dú)立的旁分泌因子抗病毒基因。該基因表達(dá)下調(diào)：與中醫(yī)理論“正氣存內(nèi)，邪不可干”有關(guān)，正常機(jī)體的防御衛(wèi)外功能下降正是虛證的病機(jī)病理之一。另外虛證會(huì)導(dǎo)致某些機(jī)體功能的虛性亢奮。與部分上調(diào)基因可能有關(guān)，如NM一005896IDH[，它的活性與脂肪的生物合成相關(guān)。 吳志奎等根據(jù)中醫(yī)理論，采用補(bǔ)腎生血對B一地中海貧血進(jìn)行治療，能明顯提高地中海貧血患者血紅蛋白和抗堿血紅蛋白，提高血紅蛋白鏈比，通過BT—PCR檢測，該藥物能促進(jìn)珠蛋白的mRNA基因轉(zhuǎn)錄和表達(dá)，誘導(dǎo)HbF合成，從而代償了β-珠蛋白基因缺陷。王振義從分子生物學(xué)水平研究早幼粒細(xì)胞白血病的發(fā)病機(jī)理，運(yùn)用砒霜治療白血病，印證了中醫(yī)“以毒攻毒”的治療方法，療效十分理想。最近報(bào)道，半胱氨酸酶的激活可能是砒霜誘導(dǎo)NamMwa細(xì)胞凋亡的機(jī)制之一。,分子生物學(xué)技術(shù)在中藥研究中的應(yīng)用,3．1 分子生物學(xué)技術(shù)與中藥作用機(jī)理的研究 我國的中藥資源豐富，具有完整的理論體系應(yīng)用法則，中藥中的有效成分通過多途徑、多環(huán)節(jié)、多靶點(diǎn)調(diào)節(jié)機(jī)體內(nèi)部的動(dòng)態(tài)平衡。中藥多采用復(fù)方，講究君、臣、佐、使。以求各味藥之間能協(xié)同作用。由于成分復(fù)雜，研究起來比較困難，這就要求采用分子生物學(xué)技術(shù)分離中藥有效成分進(jìn)行中藥現(xiàn)代化的研究。 1994年，Wilkins和Williams首先提出了蛋白質(zhì)組?；瘜W(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)是利用化學(xué)小分子直接從功能角度切入蛋白質(zhì)組的研究，通過化學(xué)小分子處理前后的差異蛋白質(zhì)組展示，研究蛋白質(zhì)的翻譯后修飾過程。這種研究模式為中藥對機(jī)體的作用機(jī)制提供了研究平臺(tái)。 分子生物學(xué)技術(shù)應(yīng)用于中藥藥理的研究開始于中藥單體的研究，集中于人參三醇皂苷、云芝多糖等中藥單體對細(xì)胞內(nèi)相關(guān)因子及受體mRNA轉(zhuǎn)錄、基因表達(dá)上有調(diào)控作用。對于中藥復(fù)方的研究尚處于起步階段。我國學(xué)者曾對人參、黃芪、青蒿、淫羊藿、銀耳、靈芝等藥物對體內(nèi)重要的細(xì)胞因子(IL—l、IL一2、IL一3、IL一6、TNF等)的基因表達(dá)調(diào)控機(jī)體的免疫反應(yīng)做了探討。曹穎英等[26 J應(yīng)用斑點(diǎn)雜交法研究表明，淫羊藿苷(ICA)可促進(jìn)刀豆蛋白(ConA)誘導(dǎo)的淋巴細(xì)胞IL一3 mRNA、IL一6 mRNA的表達(dá)，其促進(jìn)作用具有一定的劑量依賴性，且它對IL一6 mRNA表達(dá)的促進(jìn)作用優(yōu)于IL一3 mRNA，初步闡明了ICA促進(jìn)某些細(xì)胞因子產(chǎn)生的分子機(jī)制。王平等研究了加味溫膽湯對日本快速老化模型鼠肝細(xì)胞核活性基因的影響，結(jié)果表明，加味溫膽湯具有提高SAM—P／10鼠肝細(xì)胞核活性基因水平、增強(qiáng)其轉(zhuǎn)錄活性的作用。,用細(xì)胞培養(yǎng)的方法研究發(fā)現(xiàn)，復(fù)方補(bǔ)益劑(四君子湯、四物湯、八珍湯、十全大補(bǔ)湯)對細(xì)胞生長均有顯著促進(jìn)作用，而且不同補(bǔ)益劑對同種細(xì)胞的促生長作用明顯不同，同種補(bǔ)益劑對不同細(xì)胞或同種細(xì)胞的不同生長時(shí)期作用也不完全相同。賀雙騰等運(yùn)用No．hem雜交檢測到，加入補(bǔ)腎醒腦解毒復(fù)方中藥煎液后，感染神經(jīng)元NGF和BDNF表達(dá)較正常海馬神經(jīng)元明顯提高并且能持續(xù)增加，維持潛伏感染神經(jīng)元存活達(dá)lO周以上。凌云彪等[30 J利用核素?fù)饺嗽囼?yàn)、流式細(xì)胞術(shù)觀察到，通過兩種不同途徑制備的中藥復(fù)方“肝纖方”可以抑制大鼠肝星狀細(xì)胞(HSC)的增殖及其膠原合成。 隨著中醫(yī)藥防治腫瘤研究的廣泛與深入，療效高、副作用小、多靶位、多環(huán)節(jié)抗腫瘤中藥的研制，將是未來腫瘤防治的希望。日本學(xué)者對小柴胡湯的研究發(fā)現(xiàn)，柴胡湯水溶液能誘導(dǎo)肝癌細(xì)胞KIM一1和膽管細(xì)胞KMC—l凋亡。而不影響正常細(xì)胞。另有日本學(xué)者報(bào)道，黃芪苷元能有效抑制撲拓異構(gòu)酶一2的活性和3種肝癌細(xì)胞系的增殖，并能誘導(dǎo)KIM一1細(xì)胞發(fā)生凋亡，誘導(dǎo)HuH一7、HLF細(xì)胞壞死。孫饒鴻等采用流式細(xì)胞技術(shù)發(fā)現(xiàn)消瘤飲(根據(jù)益氣解毒抗癌的原則組成的治療腫瘤中藥方劑)具有明顯的抑瘤作用，可促使b娃基因表達(dá)，誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞凋亡。,分子生物學(xué)技術(shù)與中藥鏊定,我國中藥材資源豐富，種類繁多，過去一直采用形態(tài)學(xué)分類法來鑒定中藥材。這種建立在宏觀監(jiān)測水平上的方法往往不完善，尤其是動(dòng)物藥及破碎中藥的鑒定，這也是中藥質(zhì)控的難點(diǎn)，而蛋白質(zhì)電泳法和核酸分析法作為新的分子生物學(xué)技術(shù)正在中藥鑒定中廣泛應(yīng)用。 任冰如等用RAPD技術(shù)(隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA)對南、北蒼術(shù)不同居群間的親緣關(guān)系做了鑒定，從DNA水平上證實(shí)了南、北蒼術(shù)親緣關(guān)系很近，差異很小，從而證實(shí)了北蒼術(shù)是南蒼術(shù)的變種，而非不同種。羅志勇等m’運(yùn)用AFLP技術(shù)(擴(kuò)增片斷長度多態(tài)性法)成功構(gòu)建出多態(tài)性豐富和重復(fù)性好的人參、西洋參指紋圖譜，并運(yùn)用計(jì)算機(jī)軟件對結(jié)果進(jìn)行二維圖象處理，計(jì)算出不同樣品間相似度指數(shù)，并從相似度指數(shù)發(fā)現(xiàn)西洋參與引種到我國吉林的西洋參的DNA發(fā)生一定的變異，但變異程度小于人參與西洋參間的差異。國外學(xué)者運(yùn)用各種分子標(biāo)記法對淫羊藿屬、黃芪屬、貝母屬、栝樓屬、蒼術(shù)屬、沙參屬、紫蘇屬、天南星屬等藥用植物進(jìn)行了較為系統(tǒng)的研究。此外，DNA分子標(biāo)記方法還可用于中成藥質(zhì)量分析，如臺(tái)北醫(yī)學(xué)院利用RAPD標(biāo)記技術(shù)成功檢出玉屏風(fēng)散中的白術(shù)、黃芪和防風(fēng)3味藥材，臺(tái)灣藥物食品檢測局利用PCR技術(shù)成功鑒別出四物湯中當(dāng)歸和中降湯中大和當(dāng)歸成分。,分子生物學(xué)技術(shù)與中藥品質(zhì)改良,由于野生藥材資源日益減少，栽培品種品質(zhì)退化，有效成分含量不足以及農(nóng)藥殘留量超標(biāo)等一系列問題，給中藥材質(zhì)量控制和臨床應(yīng)用帶來了一定困擾。胡之璧引用植物細(xì)胞培養(yǎng)技術(shù)進(jìn)行洋地黃培養(yǎng)細(xì)胞的生物轉(zhuǎn)化研究，篩選出高產(chǎn)細(xì)胞并獲得了遺傳穩(wěn)定性。另外，還可以應(yīng)用轉(zhuǎn)基因技術(shù)開發(fā)新藥。如國外報(bào)道可從轉(zhuǎn)基因綿羊羊奶50％蛋白質(zhì)中提取出抗胰蛋白酶用于臨床疾病的治療。,二：分子生物學(xué)軟件在動(dòng)物醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用,分子生物學(xué)作為基礎(chǔ)學(xué)科，在動(dòng)物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域（動(dòng)物疾病發(fā)生機(jī)理、診斷與預(yù)防）中的應(yīng)用不斷拓展，其相關(guān)應(yīng)用軟件已成為廣大研究人員必不可少的輔助工具，熟練掌握一套相關(guān)生物學(xué)軟件的使用，可以為科研工作者節(jié)省大量寶貴的時(shí)間，并起到事半功倍的效果。但是其應(yīng)用軟件的種類和數(shù)目層出不窮，即使某些功能的相似的軟件，其開發(fā)環(huán)境、運(yùn)行平臺(tái)和操作方法都各不相同，有些軟件還涉及的一些計(jì)算機(jī)語言的使用，而我國大多 數(shù)動(dòng)物醫(yī)學(xué)研究人員使用的是Windows操作系統(tǒng)作為工作平臺(tái)，而且對相關(guān)計(jì)算機(jī)語言了解不多，這就給使用者造成了許多的不便。因而很有必要推薦一些較為實(shí)用軟件給從事動(dòng)物醫(yī)學(xué)研究的科研工作者  結(jié)合從事相關(guān)研究和自己的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，就動(dòng)物醫(yī)學(xué)中涉及到的軟件，按照一定的順序介紹如下。,1 參考文獻(xiàn)收集整理,作為相關(guān)專業(yè)的科研工作者，首先要對自己的研究內(nèi)容和國內(nèi)外研究現(xiàn)狀有所了解，這就需要參閱大量的文獻(xiàn)資料，在這里向大家推薦《書目資料庫管理系統(tǒng)v 11.0》(Reference Manager v 11.0)。Reference Manager是一個(gè)專門設(shè)計(jì)來管理書目參考文獻(xiàn)的資料庫程序。收集參考文獻(xiàn)和制作書目都可以使用Reference Manager輕易地管理資料。功能強(qiáng)大兼容Word 2003，可在線查找，能自動(dòng)插入Word，并自動(dòng)生成所定格式的參考文獻(xiàn)。它可以完成下列甚至更多的工作： 快速地從草稿中準(zhǔn)備格式化的內(nèi)文引用文獻(xiàn)和參考書目，建立并維護(hù)部門的研究資料庫，追蹤再版館藏，從不同的參考文獻(xiàn)來源收集參考文獻(xiàn)。 目前提供新資料庫可以將您收集完成的Reference Manager資料庫放在網(wǎng)絡(luò)環(huán)境中，可以通過網(wǎng)絡(luò)進(jìn)入您的Web Publisher網(wǎng)站檢索并建立參考文獻(xiàn)清單或輸出參考文獻(xiàn)。,2 實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與實(shí)施,本階段包括限制酶分析、引物設(shè)計(jì)、同源序列比較、質(zhì)粒作圖、結(jié)構(gòu)域(motif)查找、RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測、蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析、克隆策略圖譜、三維結(jié)構(gòu)顯示 、電泳條帶定量分析、數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析作圖等方面的內(nèi)容,2.1 引物設(shè)計(jì)、酶切分析、基序分析,在眾多相關(guān)軟件中首推Primer Premier 5.0 ，它是一種用來幫助研究人員設(shè)計(jì)最適合引物的應(yīng)用軟件，利用它的高級(jí)引物搜索、引物數(shù)據(jù)庫、巢式引物設(shè)計(jì)、引物編輯和分析等功能可以設(shè)計(jì)出有高效擴(kuò)增能力的理想引物。該軟件主要由以下5個(gè)主要功能板塊 組成：GeneTank 序列編輯、Primer 引物設(shè)計(jì)、Align 序列比較、Enzyme 酶切分析、Motif 基序分析。有如下功能：種間交叉引物設(shè)計(jì)、病理檢測引物設(shè)計(jì)、等位基因特效引物設(shè)計(jì)。 可簡單地通過手動(dòng)拖動(dòng)鼠標(biāo)以擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物，并同時(shí)顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動(dòng)搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來，操作非常簡單,2.2 序列的同源比較（Alignment）、進(jìn)化樹繪制,MEGA 3強(qiáng)調(diào)了序列獲得和演化分析的整合，該軟件允許多種格式數(shù)據(jù)輸入，用戶可以在多個(gè)窗口檢視結(jié)果，進(jìn)行序列數(shù)據(jù)的操作和編輯、系列比對和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系樹推斷，并進(jìn)行演化距離估計(jì)。結(jié)果輸出窗口允許使用者進(jìn)行瀏覽、編輯、總結(jié)和輸出結(jié)果。MEGA3 .1還包括距離矩陣、系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系展示窗口，以及一些用于直觀呈現(xiàn)輸入數(shù)據(jù)和輸出結(jié)果的高級(jí)圖形模塊，內(nèi)嵌了穩(wěn)定的、可進(jìn)行多序列比對的 CLUSTAL 軟件。結(jié)果可以直接粘貼到Word上，還能聯(lián)機(jī)的Web數(shù)據(jù)庫檢索，是很好用的分子進(jìn)化遺傳分析軟件，在一些權(quán)威文獻(xiàn)中經(jīng)常見到,2.3 質(zhì)粒繪圖,就象限制酶切位點(diǎn)分析一樣，也是最常用的功能。好的質(zhì)粒繪圖軟件首先能對已知序列自動(dòng)作圖；如果是未知序列，但根據(jù)用戶已知的質(zhì)粒信息也能繪出漂亮的圖譜來。推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0。這是一個(gè)非常好的質(zhì)粒構(gòu)建軟件包。與大多數(shù)分析的軟件不同，它制作并顯示克隆策略中的分子構(gòu)建過程；包括質(zhì)粒構(gòu)建，模擬電泳條帶；當(dāng)然還可以質(zhì)粒作圖（有無序列均可）。通過它繪出來的圖還可以繼續(xù)用來構(gòu)建克隆策略圖譜。只是該軟件由于功能太強(qiáng)，使用起來也不簡單；但它附有詳細(xì)的使用幫助，認(rèn)真研究后，應(yīng)該沒有問題。 ,2.4 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu),RNAdraw是一個(gè)進(jìn)行RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)計(jì)算的軟件，依據(jù)Vienna RNA package V1.1最佳結(jié)構(gòu)或堿基配對性的矩陣算法或熱力學(xué)曲線算法 、M.Zuker和P.stiegler的動(dòng)力學(xué)算法等，進(jìn)行RNA結(jié)構(gòu)的預(yù)測，有較好準(zhǔn)確度及速度。它是Windows下的多文檔窗口 (multipledocument interface) 軟件，允許你同時(shí)打開多個(gè)數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口，以及即時(shí)幫助和退出程序。RNAdraw中一個(gè)重要的特征是鼠標(biāo)右鍵打開的菜單顯示對鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。RNA文庫（RNA Library）用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。,2.5 蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分析,ANTHEPROT 4.5是位于法國的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時(shí)間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。使用個(gè)人電腦，可以進(jìn)行氨基酸序列的二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測，motif的尋找，酶切片段的分析，以及轉(zhuǎn)錄后的甲基化分析等各種蛋白序列分析與特性預(yù)測。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級(jí)結(jié)構(gòu)信息甚至可以分析信號(hào)肽斷點(diǎn)、跨膜區(qū)域等，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級(jí)結(jié)構(gòu)，是為數(shù)不多的蛋白分析軟件。,2.6 凝膠分析軟件,Band leader 3.0提供處理DNA或蛋白分子凝膠電泳圖象和從凝膠電泳圖象獲得相關(guān)數(shù)據(jù)的工具。它可以對電泳圖譜進(jìn)行半定量分析，用掃描儀將拍下來的照片掃進(jìn)計(jì)算機(jī)生成WINDOWS圖象格式（BMP），然后就可以用本軟件操作進(jìn)行分析。,2.7 三維結(jié)構(gòu)顯示,數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)軟件 CurveExpert ELISA標(biāo)準(zhǔn)曲線擬合、及其他各種有關(guān)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)分析，都可以應(yīng)用CurveExpert進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。它使用非常方便， 可以說是實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)處理的圣手，并且可以生成漂亮的曲線應(yīng)用到論文之中。,三：分子生物學(xué)技術(shù)在獸醫(yī)領(lǐng)域中的應(yīng)用,核酸的分子雜交( molecular hybridization)技術(shù)是目前生物化學(xué)和分子生物學(xué)研究中應(yīng)用最廣泛的技術(shù)之一, 是定性或定量檢測特異RNA 或DNA 序列片段的有力工具。它是利用核酸分子的堿基互補(bǔ)原則而發(fā)展起來的。在堿性環(huán)境中加熱或加入變性劑等條件下, 雙鏈DNA 之間的氫鍵被破壞( 變性) , 雙鏈解開成條單鏈。這時(shí)加入異源的DNA 或RNA( 單鏈)并在一定離子強(qiáng)度和溫度下保溫( 復(fù)性) , 若異源DNA 或RNA 之間的某些區(qū)域有互補(bǔ)的堿基序列, 則在復(fù)性時(shí)可形成雜交的核酸分子。在進(jìn)行分子雜交技術(shù)時(shí), 要用一種預(yù)先分離純化的已知RNA 或DNA 序列片段去檢測未知的核酸樣品。作為檢測工具用的已知RNA或DNA 序列片段稱為雜交探針( probe) 。它常常用放射性同位素來標(biāo)記。雖然核酸分子雜交技術(shù)的應(yīng)用僅有二十多年的歷史, 但它在核酸的結(jié)構(gòu)和功能的研究中作出了重要貢獻(xiàn), 在基因的表達(dá)調(diào)控和物種的親緣關(guān)系研究中也發(fā)揮重要作用。而且, 隨著核酸探針制備及標(biāo)記技術(shù)的豐富和完善以及以不同材料為支持物的固相雜交技術(shù)的發(fā)展, 使核酸分子雜交技術(shù)在分子生物學(xué)領(lǐng)域中的應(yīng)用更加廣泛。這里我們將就分子雜交技術(shù)的幾個(gè)主要過程及其應(yīng)用進(jìn)行介紹。,四：分子生物學(xué)在獸醫(yī)細(xì)菌學(xué)中的應(yīng)用,分子生物學(xué)在獸醫(yī)細(xì)菌學(xué)中的應(yīng)用,本次課程結(jié)束，謝謝欣賞,,